phpDocumentor kann direkt aus Aptana oder Eclipse ausgeführt werden. Das zu dokumentierende Projekt muss dazu geöffnet sein.
1. 'External Tools' Dialog aufrufen über 'Run -> External Tools -> External Tools...'

2. auf den 'New' Knopf klicken und folgende Angaben eingeben:
Name: Der Werkzeugname kann frei gewählt werden wie z.B. 'phpDocumentor'.
Location: Den Pfad zur php.exe Datei angeben inklusiv php.exe
Working Directory: Pfad zum phpDocumentor Verzeichnis angeben
Arguments: Parameter gemäss phpDocumentor Anleitung. Mindestens die Parameter -d, -t und -o müssen gesetzt sein, wobei -d <PfadQuelle> für das zu dokumentierende Verzeichnis steht, während -t <PfadZiel> für das Verzeichnis steht, wo die Dokumentation gespeichert werden soll. -o steht für die zu verwendende Vorlage.
Wichtig: Pfadangaben in den Argumenten müssen in Anführungszeichen gesetzt werden, falls sie Leerzeichen enthalten.
